JFreeChart

JFreeChartというグラフを描画するための Java の API があるそうです。佐藤くん談：

gnuplotではできない円グラフの描画やグラフの透過、グラデーションなどが自由に設定できそうです。最大の利点は日本語が使えるということでしょうか。工夫すれば直にPDFで出力も可能そうです。